AT3G18710.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : plant U-box 29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein containing a U-box and an ARM domain. This protein has E3 ubiquitin ligase activity based on in vitro assays. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
plant U-box 29 (PUB29); FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity; INVOLVED IN: response to chitin, protein ubiquitination; LOCATED IN: ubiquitin ligase complex; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: U box domain (InterPro:IPR003613), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ARM repeat superfamily protein (TAIR:AT5G09800.1); Has 1922 Blast hits to 1905 proteins in 98 species: Archae - 0; Bacteria - 12; Metazoa - 142; Fungi - 0; Plants - 1653; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 115 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:6434234..6435481 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46557.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 415 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGRDETETYI TVPSFFKCPI SLDVMRSPVS LCTGVTYDRA SIQRWLDGGN NTCPATMQLL KTKDFVPNLT LQRLINIWSD SIGRRHNGDS PVLNPPSGRE 101: VPTKEEVNVL LERLMSLENL MKIVRFVKDS DSNREFLSKK MEFVPMLVDI IRTKKTKIEL VIMAIRILDS IKVDRERLSN LMLANDGGDC LTAILLAIQR 201: GNLESKIESV RVLDWISFDA KSKLMIAERD GVLTEMMKSI SITESSDPSL IEASLSFLIT ISKSKRVRSK LIAAKAITKI KDILLTETLT NVAVTEKSLK 301: LLETLSSKRE GRLEICGDDN GRCVEGVVKK LLKVSTTATE HAVTILWCLC YVFREDKTVE ETVERSNGVT KLLVVIQSNC SAMVRQMAKD LIKVLKFNSS 401: ALAAYETKTT HIMPF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)