AT5G06680.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : spindle pole body component 98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes protein similar to yeast SCP98. Yeast SCP98 is essential for the microtubule nucleation activity of the gamma-tubulin ring complexes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
spindle pole body component 98 (SPC98); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Spc97/Spc98 (InterPro:IPR007259), Gamma tubulin complex protein 3 (InterPro:IPR015697); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Spc97 / Spc98 family of spindle pole body (SBP) component (TAIR:AT5G17410.2); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:2056741..2059369 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 94652.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 838 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEDDDQQKAA DLVQELVLRL VSQNPQTPNL DPNSPAFLKT LRYAFRILSS RLTPSVLPDA TAIAESLKRR LATQGKSSDA LAFADLYTKF ASKTGPGSVN 101: NKWALVYLLK IVSDDRKSAI NGLDSSVLLP NLGIGDTGNG VLSRGEAKKK DWSNGVLLVS KDPENLRDIA FREYAILVKE ENEVTEEVLV RDVLYASQGI 201: DGKYVKFNSE IDGYAVQESV KVPRATRIMV RMLSELGWLF RKVKTFITES MDRFPAEDVG TVGQAFCAAL QDELSDYYKL LAVLEAQAMN PIPLVSESAS 301: SNNYLSLRRL SVWFAEPMVK MRLMAVLVDK CKVLRGGAMA GAIHLHAQHG DPLVHDFMMS LLRCVCSPLF EMVRSWVLEG ELEDTFGEFF VVGQPVKVDL 401: LWREGYKLHP AMLPSFISPS LAQRILRTGK SINFLRVCCD DHGWADAASE AAAASGTTTR RGGLGYGETD ALEHLVTEAA KRIDKHLLDV LYKRYKFKEH 501: CLAIKRYLLL GQGDFVQYLM DIVGPKLSEP ANNISSFELA GFLEAAIRAS NAQYDDRDML DRLRVKMMPH GSGDRGWDVF SLEYEARVPL DTVFTESVLS 601: KYLRVFNFLW KLKRVEHALI GIWKTMKPNC ITSNSFVKLQ SSVKLQLLSA LRRCQVLWNE MNHFVTNFQY YIMFEVLEVS WSNFSKEMEA AKDLDDLLAA 701: HEKYLNAIVG KSLLGEQSQT IRESLFVLFE LILRFRSHAD RLYEGIHELQ IRSKESGREK NKSQEPGSWI SEGRKGLTQR AGEFLQSMSQ DMDSIAKEYT 801: SSLDGFLSLL PLQQSVDLKF LFFRLDFTEF YSRLHSKG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)