AT5G04890.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : HSP20-like chaperones superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Specifically restricts the long-distance movement of tobacco etch potyvirus (TEV) without involving either hypersensitive cell death or systemic acquired resistance. Multidomain protein containing an N-terminal region with high similarity to plant small heat shock proteins (HSPs). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RESTRICTED TEV MOVEMENT 2 (RTM2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Heat shock protein Hsp20 (InterPro:IPR002068), HSP20-like chaperone (InterPro:IPR008978); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: HSP20-like chaperones superfamily protein (TAIR:AT5G20970.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:1427217..1428390 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41342.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 366 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAARQQQKGT GFGVQYEDFV PKSEWKDQPE ATILNIDLTG FAKEQMKVTY VHSSKMIRVT GERPLANRKW SRFNEVFTVP QNCLVDKIHG SFKNNVLTIT 101: MPKETITKVA YLPETSRTEA AALEKAAKLE EKRLLEESRR KEKEEEEAKQ MKKQLLEEKE ALIRKLQEEA KAKEEAEMRK LQEEAKAKEE AAAKKLQEEI 201: EAKEKLEERK LEERRLEERK LEDMKLAEEA KLKKIQERKS VDESGEKEKI LKPEVVYTKS GHVATPKPES GSGLKSGFGG VGEVVKSAEE KLGNLVEKEK 301: KMGKGIMEKI RRKEITSEEK KLMMNVGVAA LVIFALGAYV SYTFCSSSSS SSSSSPSSSS SSTKPE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)