AT3G07420.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.976 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : asparaginyl-tRNA synthetase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an asparaginyl-tRNA synthetase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
asparaginyl-tRNA synthetase 2 (NS2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) (InterPro:IPR004364), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N)-like (InterPro:IPR018150); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Class II aminoacyl-tRNA and biotin synthetases superfamily protein (TAIR:AT5G56680.1); Has 9059 Blast hits to 7126 proteins in 1951 species: Archae - 376; Bacteria - 6198; Metazoa - 478; Fungi - 585; Plants - 210; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1212 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:2374179..2376644 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 71367.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 638 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESHGKTHQK EHDNDLSPKP ITLSKYSKRV ELKTLLDRSD RGAGLAGKRV VIGGWVKSAR AVKKNSPPPP LPVVAAPSPS SGGDQAHTTA NIRCTEIIQS 101: KMNIFKRFFD VLSGGGKTYP IFDKTELAGQ KAVPPPEYVF YFLISDGSSI SSLQVVVDSA LSTVPATQLM ALGTCIVAEG VLRLPLAASA KHVIELEAEK 201: LLHVGTVDPE KYPLSKKQLP LHMLRDFSHF RPRTTTVGSV TRVHSALTLA SHTFLQYHGF QYVQVPVITT TTGFGEMFRV TTLLGKTDDK EEKKPPVQEK 301: DGFSIDTVKA VIKEKTRLID HLKRSDSNRE TVVAAVHDLK KTNDLASQIE MKQKSKTGTL VKPEKLDFSK DFFGRDTYLT ASGRFHLESY ASALGKVYTF 401: GPRFIADKID NARHLAEKWN VETEMAFAEL DDAMDCADEY FKFLCKYVLE NRDEDMKFIS KRVDKTITTR LEATASSSLL RFSYTEVISL LQKATTTKFE 501: TKPEWGVALT TEHLSYLTDE IYKGPVIVHT YPKAIKQFYV RLNDDKKTVA AFDLVVPKVG VVITGSQNEE RFEILDARIG ESGFTREKFE WYLDLRRHGT 601: VKHSGISLSM EQMLLYATGL PDIKDAIPFP RSWGKANN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)