AT4G35260.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : isocitrate dehydrogenase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a regulatory subunit of the mitochondrially-localized NAD+- dependent isocitrate dehydrogenase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
isocitrate dehydrogenase 1 (IDH1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase (InterPro:IPR001804), Isocitrate dehydrogenase NAD-dependent, mitochondrial (InterPro:IPR004434); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: isocitrate dehydrogenase subunit 2 (TAIR:AT2G17130.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:16774494..16776233 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39629.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 367 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSRRSLTLLK NLARNANGSG IQTRSVTYMP RPGDGAPRAV TLIPGDGIGP LVTNAVEQVM EAMHAPIFFE KYDVHGEMSR VPPEVMESIR KNKVCLKGGL 101: KTPVGGGVSS LNVQLRKELD LFASLVNCFN LPGLPTRHEN VDIVVIRENT EGEYAGLEHE VVPGVVESLK VITKFCSERI AKYAFEYAYL NNRKKVTAVH 201: KANIMKLADG LFLESCREVA KKYPSITYNE IIVDNCCMQL VAKPEQFDVM VTPNLYGNLV ANTAAGIAGG TGVMPGGNVG ADHAVFEQGA SAGNVGKDKI 301: VLENKANPVA LLLSSAMMLR HLQFPSFADR LETAVKKVIA EGKCRTKDLG GTSTTQEVVD AVIAKLD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)