AT5G08300.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Succinyl-CoA ligase, alpha subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Succinyl-CoA ligase, alpha subunit; FUNCTIONS IN: succinate-CoA ligase (GDP-forming) activity, copper ion binding, metal ion binding; INVOLVED IN: response to cadmium ion, metabolic process; LOCATED IN: mitochondrion, cell wall; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Succinyl-CoA ligase, alpha subunit (InterPro:IPR005810), ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase (InterPro:IPR005811), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), ATP-citrate lyase/succinyl-CoA ligase, active site (InterPro:IPR017440), CoA-binding (InterPro:IPR003781), Succinyl-CoA synthetase-like (InterPro:IPR016102); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Succinyl-CoA ligase, alpha subunit (TAIR:AT5G23250.1); Has 9706 Blast hits to 9705 proteins in 2093 species: Archae - 338; Bacteria - 4848; Metazoa - 444; Fungi - 287; Plants - 143; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3646 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:2667579..2669672 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36153.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 347 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSRQVARLIG SLSSKARRCS TGGSEVFPSC QSLTSLTQSR SFASDPHPPA AVFVDKNTRV LCQGITGKNG TFHTEQAIEY GTKMVAGVTP KKGGTEHLGL 101: PVFNSVAEAK ADTKANASVI YVPAPFAAAA IMEGIEAELD LIVCITEGIP QHDMVRVKHA LNSQSKTRLI GPNCPGIIKP GECKIGIMPG YIHKPGKIGI 201: VSRSGTLTYE AVFQTTAVGL GQSTCVGIGG DPFNGTNFVD CLEKFFVDPQ TEGIVLIGEI GGTAEEDAAA LIKASGTEKP VVAFIAGLTA PPGRRMGHAG 301: AIVSGGKGTA QDKIKSLNDA GVKVVESPAK IGSAMYELFQ ERGLLKQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)