AT3G09810.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : isocitrate dehydrogenase VI | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a catalytic subunit of the mitochondrially-localized NAD+- dependent isocitrate dehydrogenase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
isocitrate dehydrogenase VI (IDH-VI); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase (InterPro:IPR001804), Isocitrate dehydrogenase NAD-dependent, mitochondrial (InterPro:IPR004434), Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site (InterPro:IPR019818); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: isocitrate dehydrogenase V (TAIR:AT5G03290.1); Has 17175 Blast hits to 17053 proteins in 2733 species: Archae - 398; Bacteria - 9669; Metazoa - 935; Fungi - 952; Plants - 360; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4861 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr3:+:3008753..3011070 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 40578.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 7.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | 0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 374 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTMTAFLARR LIGNGSSQIL GTSSSSSGPF ISVSRAFFSS STPIKATLFP GDGIGPEIAE SVKQVFTAAD VVIDWDEQFV GTEVDPRTNS FLTWDNLQSV 101: LKNKVGLKGP MATPIGKGHR SLNLTLRKEL NLYANVRPCY SLPGYKTRYD DVDLITIREN TEGEYSGLEH QVVKGVVESL KIITRKASMR VAEYAFLYAK 201: THGRKKVSAI HKANIMQKTD GLFLQCCDEV AAKYPEIYYE KVVIDNCCMM LVKNPALFDV LVMPNLYGDI ISDLCAGLVG GLGLTPSMNI GEDGIALAEA 301: VHGSAPDIAG MNLANPTALL LSGVMMLRHL KLNKQAEQIH SAIINTIAEG KYRTADLGGS STTTDFTKAI CDHL |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)