AT4G17020.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.943 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : transcription factor-related | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
transcription factor-related; FUNCTIONS IN: RNA polymerase II transcription factor activity; INVOLVED IN: DNA repair, regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: endomembrane system, nucleus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor Tfb2 (InterPro:IPR004598); Has 424 Blast hits to 423 proteins in 197 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 144; Fungi - 151; Plants - 51; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 78 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:9578152..9581082 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52072.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 452 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPQVKIIAKN FMDMVASLPA IKLDKLYNNV FICEAILRSL PPLAKKYVLQ MLYIDVPVPA TMMEEWVLAD GTSKHRVAID RLIQLRIFSE ISDRKRGTSY 101: SLNPTFQNNL QKHIISGGVL PREPMNSDNA IKLPSLQELE TYALKQWECF LLQLINSGQG EKLTGISSSM MKIFQRGLLS QRDKDGPRLT ESGFQFLLMD 201: TNAQLWYIIR EYILNAEERD VDPADLISFL LELSFHVTGQ AYNLNTLTEV QNNTLKDLAD LGLVKLQQGR KDSWFIPTKL ATNLSVSLAD SSARKEGFVV 301: METNFRMYAY STSKLQCEIL RLFARIEYQL PNLIACAITK ESLYNAFDNG ITSDQIITFL QQNSHPRCAD RVPSIPENVT DQIRLWETDL QRIEMTQAHF 401: YDEFPSKDVF EAACDFAREW RGLLWEDSKR MRLVVKSEVH NQMREFLHTQ SR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)