AT4G12570.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin protein ligase 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Knock-out mutants showed accelerated senescence of leaves. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin protein ligase 5 (UPL5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin subgroup (InterPro:IPR019956), Ubiquitin (InterPro:IPR000626), Ubiquitin supergroup (InterPro:IPR019955), HECT (InterPro:IPR000569); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin-protein ligase 1 (TAIR:AT1G55860.1); Has 13201 Blast hits to 8328 proteins in 676 species: Archae - 0; Bacteria - 15; Metazoa - 6234; Fungi - 1825; Plants - 2664; Viruses - 167; Other Eukaryotes - 2296 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:7445585..7448819 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 100370.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 873 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTLSRSSADD STNNANRSYS AVAGTDNKRK RDEDSSDYVG VAESLEMLKK QEIDADHMAA SAQQTLISWR SGENSRSLSS SGECSSSNRP ESTRLQIFVR 101: MMSGGKTIVI HAEKYDTVEK LHQRIEWKTK IPALEQRVIY KGKQLQRENS LTYYSIEQDA SLQLVARMQS TEHPVAWQTI DDIMYTISRM YKGENLQSNI 201: NEKIVTFFAM IPVESDESIA KYLNIFSNSS VPAALVMLYA SSLERNKSCA KSSVKLFLSN CVALPKNQKN YCLPIVLEFC KLLRKVCPDQ KLYVTCRNTL 301: GSMLETFDNP HGVYNDQYET FGVEIFPFFT ELTGLLLNEL AQNSGPSFCD FQKVSSFWQQ LRKVIELKVA FPIPIVLPMQ STALEAEIRH LHRLFGSLLT 401: TMDLCMCRVE SSLADKEVGN SETMSSSWSQ YLSILKIINS MSNIYQGAKG QLAVMLNKNK VSFSALVVKF AKRGDDHQWI FEYKEATNFE ARRHLAMLLF 501: PDVKEDFEEM HEMLIDRSNL LSESFEYIVG ASPEALHGGL FMEFKNEEAT GPGVLREWFY LVCQEIFNPK NTLFLRSADD FRRFSPNPAS KVDPLHPDFF 601: EFTGRVIALA LMHKVQVGVL FDRVFFLQLA GLKISLEDIK DTDRIMYNSC KQILEMDPEF FDSNAGLGLT FVLETEELGK RDTIELCPDG KLKAVNSKNR 701: KQYVDLLIER RFATPILEQV KQFSRGFTDM LSHSVPPRSF FKRLYLEDLD GMLRGGENPI SIDDWKAHTE YNGFKETDRQ IDWFWKILKK MTEEEQRSIL 801: FFWTSNKFVP VEGFRGLSSK LYIYRLYEAN DRLPLSHTCF YRLCIPRYPT ITLMEQRLRL IAQDHVSSSF GKW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)