AT3G23400.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : Plastid-lipid associated protein PAP / fibrillin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
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Computational Description (TAIR10) |
fibrillin 4 (FIB4); FUNCTIONS IN: structural molecule activity; LOCATED IN: in 8 components; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Plastid lipid-associated protein/fibrillin (InterPro:IPR006843); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Plastid-lipid associated protein PAP / fibrillin family protein (TAIR:AT3G26070.1); Has 367 Blast hits to 365 proteins in 76 species: Archae - 0; Bacteria - 87; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 273; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 7 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr3:-:8376636..8378225 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 30456.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 5.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 284 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATSSTFSSL LPSPPALLSD HRSPPPSIRY SFSPLTTPKS SRLGFTVPEK RNLAANSSLV EVSIGGESDP PPSSSGSGGD DKQIALLKLK LLSVVSGLNR 101: GLVASVDDLE RAEVAAKELE TAGGPVDLTD DLDKLQGKWR LLYSSAFSSR SLGGSRPGLP TGRLIPVTLG QVFQRIDVFS KDFDNIAEVE LGAPWPFPPL 201: EATATLAHKF ELLGTCKIKI TFEKTTVKTS GNLSQIPPFD IPRLPDSFRP SSNPGTGDFE VTYVDDTMRI TRGDRGELRV FVIA |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)