AT3G20780.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : topoisomerase 6 subunit B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes putative eukaryotic homolog of archaebacterial topoisomerase VI subunit B, TOP6B. Is essential for endoreduplication and is involved in cell expansion and cell proliferation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
topoisomerase 6 subunit B (TOP6B); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA topoisomerase VI, subunit B, transducer (InterPro:IPR015320), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold (InterPro:IPR020568), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup (InterPro:IPR014721), ATPase-like, ATP-binding domain (InterPro:IPR003594); Has 873 Blast hits to 542 proteins in 165 species: Archae - 495; Bacteria - 44; Metazoa - 2; Fungi - 2; Plants - 34; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 296 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:7264025..7268498 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 75856.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 670 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAGDDLVETK KGSSKNSKDS NESKLKQKSP AEFFAENKNI AGFDNPGKSL YTTVRELVEN ALDSAESISE LPEVEVTIEE IVKSKFNSMI GLIDRERVDT 101: QLYDDYETEK ARGKRLAKEA RASEIQAKNL ASGKKNKEPG VSKVLKARGE ASYYKVTCKD NGKGMPHDDI PNMFGRVLSG TKYGLKQTRG KFGLGAKMAL 201: IWSKMSTGLP IEISSSMKSQ NYVTFCRLDI DIHRNIPHIH LHEKKGNKEK WHGAEIQVVI EGNWTTYRSK ILHYMRQMAV ITPYAQFLFR FISETPEKNV 301: TIKFTRRTDV MPPIPIETKH HPSSVDLLLI KRLITDTSKK TLLQFLQNEF VNINKTLAAR LIGEMGPDFG PSMAVKSVTS QQMVRIHQLF RQAKFDDPSG 401: DCLSPAGEYN LRLGIIKELH PDMVATYSGS AQVFEGHPFI VEAGVSLGGR DVKQGINIFR FANRIPLLFE QGADVVTRTA LKRINWNSYK INQTQDKIGV 501: FVSIVSTKIP FKGTGKEYIG DDISEIATAV KSAIQQCCIQ LKSKIVKRLQ AREQQERKRS LSRYIPDATG AVYEVLKQMT EEHKTKRKRY GEEDIVMLDK 601: VSKQIITKET LKEKLAEHVE QVDYEMALEY ATQSGVSEEP RENIYLQHLD PNKSNFIDLH SPTFVFRLML |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)