AT2G27170.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Structural maintenance of chromosomes (SMC) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of the Arabidopsis cohesin complex that is essential for viability and sister chromatid alignment. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TITAN7 (TTN7); FUNCTIONS IN: ATP binding; INVOLVED IN: sister chromatid cohesion, chromosome segregation; LOCATED IN: cohesin complex, nucleus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SMCs flexible hinge (InterPro:IPR010935), RecF/RecN/SMC protein, N-terminal (InterPro:IPR003395); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: structural maintenance of chromosomes 2 (TAIR:AT5G62410.1); Has 158776 Blast hits to 77347 proteins in 3496 species: Archae - 2059; Bacteria - 28403; Metazoa - 67946; Fungi - 11949; Plants - 6773; Viruses - 706; Other Eukaryotes - 40940 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:11609319..11617064 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 139379.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.81 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1204 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MFIKQVIIEG FKSYKEQVAT EEFSNKVNCV VGANGSGKSN FFHAIRFVLS DIYQNLRSED RHALLHEGAG HQVVSAFVEI VFDNSDNRFP VDKEEIRLRR 0101: TVGLKKDDYF LDGKHITKGE VMNLLESAGF SRANPYYVVQ QGKIASLTLM KDIERLDLLK EIGGTRVYEE RRRESLRIMQ ETGNKRKQII EVVHYLDERL 0201: RELDEEKEEL RKYQQLDKQR KSLEYTIYDK ELHDAREKLE QVEVARTKAS EESTKMYDRV EKAQDDSKSL DESLKELTKE LQTLYKEKET VEAQQTKALK 0301: KKTKLELDVK DFQDRITGNI QSKNDALEQL NTVEREMQDS LRELEAIKPL YESQVDKENQ TSKRINELEK TLSILYQKQG RATQFSNKAA RDKWLRKEIE 0401: DLKRVLDSNT VQEQKLQDEI LRLNTDLTER DEHIKKHEVE IGELESRISK SHELFNTKKR ERDEEQRKRK EKWGEESQLS SEIDKLKTEL ERAKKNLDHA 0501: TPGDVRRGLN SIRRICADYR INGVFGPLVE LVDCDEKFFT AVEVTAGNSL FNVVVENDDI STKIIRHLNS LKGGRVTFLP LNRIKAPRVN YPKDSDAIPL 0601: LKKLKFDSKF EPALGQVFGR TVVCRDLNVA TRVAKNDDLD CITMEGDQVS RKGGMTGGFY DHRRSKLRFM NIIMQNTKSI NEKEKELEDV RRQLQVIDQQ 0701: ITQLVTEQQR LEADWTLCKL QVEQLKQEIA NANKQKHAIH KAIEYKEKLL GDIRTRIDQV RSSMSMKEAE MGTELVDHLT PEEREQLSKL NPEIKDLKEK 0801: KFAYQADRIE RETRKAELEA NIATNLKRRI TELQATIASI DDDSLPSSAG TKEQELDDAK LSVNEAAKEL KSVCDSIDEK TKQIKKIKDE KAKLKTLEDD 0901: CKGTLQDLDK KLEELFSLRN TLLAKQDEYT KKIRGLGPLS SDAFDTYKRK NIKELQKMLH RCSEQLQQFS HVNKKALDQY VNFTEQREEL QNRQAELDAG 1001: DEKIKELITV LDQRKDESIE RTFKGVAHHF RDVFSELVQD GYGNLIIMKK KDLDNDDEDD DDDDGGREAV TEGRVEKYIG VKVKVSFTGQ GETQLMKQLS 1101: GGQKTVVALA LIFAIQRCDP APFYLFDEID AALDPQYRTA VGNLIRRLAD DYGTQFITTT FRPELVRVAD KIYGVFHKNR VSIVNVISKD QALDFIEKDQ 1201: SHDT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)