AT3G12203.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:extracellular 0.984 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : serine carboxypeptidase-like 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
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Computational Description (TAIR10) |
serine carboxypeptidase-like 17 (scpl17); FUNCTIONS IN: serine-type carboxypeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: endomembrane system; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S10, serine carboxypeptidase (InterPro:IPR001563); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: serine carboxypeptidase-like 16 (TAIR:AT3G12220.1); Has 3617 Blast hits to 3541 proteins in 365 species: Archae - 0; Bacteria - 182; Metazoa - 630; Fungi - 840; Plants - 1564; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 401 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3891357..3893956 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 49507.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 6.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 437 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGKECYYLSW ILKFHLLLVL IQLVDSGSTI RFLPGFQGPL PFELETGYIG VGEAEKDQMF YYFIKSESNP EKDPLLLWLS GGPFCSSFTA LIYENGPIAF 101: KAEEYNGSIP SLVSTTYAWT KVASILYLDQ PVGTGFSYSR NPLADIPSDT GVAKPVNEFL HKWLDKHPEF LSNPLYVAGN SYSGIVIPTI VQEISNGNHL 201: DSKPQINLQG FVLGNPATDT DIDLNSRIPF AHGKALISDE HYESLKRSCQ GNYISVNPRN TKCLKLLEDF KKCVSGISEE YILKPDCMWL YSCMANLHSL 301: SEYWANEKSV RKALLVNEGT VRKWIRCNTE IAYNKDIRSS VPYHKYISIE GYRSLVFSGD HDMLVPFLGT QAWIRSLNYS IVDDWRPWMV QNQVAGYTRT 401: YANKMTFATV KGGGHTSEYK PVETYIMIKR WLSGQPL |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)