AT3G07525.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.948 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : autophagocytosis-associated family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes an E1 ligase involved in autophagic vesicle formation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
autophagy 10 (ATG10); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Autophagy-related protein 3 (InterPro:IPR007135); Has 423 Blast hits to 423 proteins in 154 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 229; Fungi - 97; Plants - 56; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 41 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:2399277..2400380 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25622.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 225 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSAREVSDG RLTVEGFSVA SRAFADKWKI HNQSFPPWSW VPLINRTLLV SKKEEGYLSL EKIIILSSLE EEIPEDESLN VATDCLEKEE TVDHTILVPT 101: MENEAHYYDF HIVYSASYKV PVLYFRGYCS GGEPLALDVI KKDVPSCSVS LLLESKWTFI TQEEHPYLNR PWFKLHPCGT EDWIKLLSQS SSSSGCQMPI 201: VLYLVSWFSV VGQVVGLRIP LEMLN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)