AT2G43530.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Scorpion toxin-like knottin superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a defensin-like (DEFL) family protein. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Scorpion toxin-like knottin superfamily protein; FUNCTIONS IN: ion channel inhibitor activity; INVOLVED IN: defense response; LOCATED IN: endomembrane system, extracellular region; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Scorpion long chain toxin (InterPro:IPR002061), Knottin (InterPro:IPR003614); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: trypsin inhibitor protein 2 (TAIR:AT2G43520.1); Has 146 Blast hits to 146 proteins in 7 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 145; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:18070104..18070523 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 9596.87 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 85 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MGMAMKSVSN FAIFLILFLV TSEISEIEAK DKECLKGYID APLSYCMARI YPSLCYRNCR FYKGAKGGKC DGLKCFCDFC SDKPF | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)