AT5G02940.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein of unknown function (DUF1012) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Protein of unknown function (DUF1012); LOCATED IN: chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF1012 (InterPro:IPR010420); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein of unknown function (DUF1012) (TAIR:AT5G43745.1); Has 374 Blast hits to 371 proteins in 64 species: Archae - 0; Bacteria - 69; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 195; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 110 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:684671..689674 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 92142.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 813 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVAVQLFTWK PLILPSQALT RDRLASFHRS LSLHSLPLGG IKSSSFRGTF KVKSQRTGDT EPPNKNFKDL NSKFYKSLPY KLVIGCIPLY AVLRIAQKIF 101: QELPNLIQNS VKAGLPFACA SNAIDKHPLL KAIPSSHDIK WGLARSSYLF NTQLEKNLGT VFVVLLITCF SFVIIGGLFF FKFRKDTSLE DCLWEAWACL 201: VNADTHLEQK TRFERLIGFV LAIWGIVFYS RLLSTMTEQF RYHMKKVREG AHMQVLESDH IIICGINSHL PFILKQLNSY QQHAVRLGTT TARKQTLLLM 301: SDTPRKEMDK LAEAYAKDFD QLDILTKSCS LNMTKSFERA AACMARAIII LPTKGDRYEV DTDAFLSVLA LEPIQKMESI PTIVEVSSSN MYDLLKSISG 401: LKVEPVENST SKLFVQCSRQ KDLIKIYRHL LNYSKNVFNL CSFPNLTGMK YRQLRLGFQE VVVCGILRDG KVNFHPNDDE ELMETDKLLF IAPLKKDFLY 501: TDMKTENMTV DETDDTRKQV YEEKKSRLEK IITRPSKSLS KGSDSFKGPK ESILLLGWRG DVVNMIKEFD SYLGPGSSLE ILSDVPLEDR RGVDQSIATG 601: KIKNIQVSHS VGNHMDYDTL KESIMHMQNK YEKGEEDIRL TIVVISDRDL LLGDPSRADK QSAYTLLLAE TICNKLGVKV HNLASEIVDT KLGKQITRLK 701: PSLTFIAAEE VMSLVTAQVA ENSELNEVWK DILDAEGDEI YVKDIELYMK EGENPSFTEL SERAWLRREV AIGYIKGGKK IINPVPKTEP VSLEMEDSLI 801: VISELEGDQV ITL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)