AT4G23600.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tyrosine transaminase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes cystine lyase which is expected to be involved in amino acid metabolism, providing the plant with cysteine and the generation of precursors of ethylene biosynthesis. mRNA levels are elevated in response to wounding. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CORONATINE INDUCED 1 (CORI3); FUNCTIONS IN: cystathionine beta-lyase activity, transaminase activity; INVOLVED IN: in 8 processes; LOCATED IN: apoplast, vacuole; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate synthase (InterPro:IPR001176), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (InterPro:IPR015424), Aminotransferase, class I/classII (InterPro:IPR004839), Tyrosine transaminase (InterPro:IPR021178), Tyrosine/nicotianamine aminotransferase (InterPro:IPR005958), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (InterPro:IPR015421); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tyrosine transaminase family protein (TAIR:AT4G23590.1); Has 36474 Blast hits to 36468 proteins in 2971 species: Archae - 924; Bacteria - 25970; Metazoa - 732; Fungi - 654; Plants - 1240; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 6954 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:+:12310657..12312885 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47041.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 422 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATLKCIDWQ FSGSEAAKDA AAASLGSYTS ALYALCDPHG KPILPPRNEI LETSNTAEKA VVKAVLYGSG NAYAPSLGLA AAKSAVAEYL NQGLPKKLTA 101: DDVFMTLGCK QAIELAVDIL AKPKANVLLP SPGFPWDLVR SIYKNLEVRH YNFLPEKNFE IDFDSVRALV DENTFAIFII NPHNPNGNTY SEAHLKQLAE 201: LAKELKIMVV SDEVFRWTLF GSNPFVPMGK FSSIVPVVTL GSISKGWKVP GWRTGWLTLH DLDGVFRNTK VLQAAQDFLQ INNNPPTVIQ AAIPDILEKT 301: PQEFFDKRQS FLKDKVEFGY SKLKYIPSLT CYMKPEACTF LWTELDLSSF VDIEDDQDFC NKLAKEENLV VLPGIAFSQK NWLRHSIDME TPVLEDALER 401: LKSFCDRHSN KKAPLKDVNG VK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)