AT3G25770.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : allene oxide cyclase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes allene oxide cyclase. One of four genes in Arabidopsis that encode this enzyme, which catalyzes an essential step in jasmonic acid biosynthesis. Gene expression is induced during senescence, a process that involves jasmonic acid signalling pathway. Note: Nomenclature for Arabidopsis allene oxide cyclase 2 (AOC2, AT3G25770) gene is based on Stenzel et al. 2003 Plant Molecular Biology 51:895-911. AOC2 (AT3G25770) is also referred to as AOC3 in He et al. 2002 Plant Physiology, 128:876-884. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
allene oxide cyclase 2 (AOC2); FUNCTIONS IN: allene-oxide cyclase activity; INVOLVED IN: response to salt stress, response to cold, jasmonic acid biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast thylakoid membrane, stromule, chloroplast stroma, chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: cotyledon, leaf; EXPRESSED DURING: seedling growth, 4 leaf senescence stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Allene oxide cyclase (InterPro:IPR009410); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: allene oxide cyclase 1 (TAIR:AT3G25760.1); Has 202 Blast hits to 202 proteins in 32 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 198; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:9406975..9407839 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27636.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 253 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSAVSLQS ISMTTLNNLS CNQQFHRSSL LGSSKSFQNL GISSNGSDFS YPSSFTAKKN LTASRALSQN GNIENPRPSK VQELSVYEIN ELDRHSPKIL 101: KNAFSLMFGL GDLVPFTNKL YTGDLKKRVG ITAGLCVVIE HVPEKKGERF EATYSFYFGD YGHLSVQGPY LTYEDSFLAI TGGAGIFEGA YGQVKLQQLV 201: YPTKLFYTFY LKGLANDLPL ELTGTPVPPS KDIEPAPEAK ALEPSGVISN YTN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)