AT2G41900.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : CCCH-type zinc finger protein with ARM repeat domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CCCH-type zinc finger protein with ARM repeat domain; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, CCCH-type (InterPro:IPR000571), Ankyrin repeat-containing domain (InterPro:IPR020683), Ankyrin repeat (InterPro:IPR002110); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CCCH-type zinc finger protein with ARM repeat domain (TAIR:AT5G12850.1); Has 5399 Blast hits to 3519 proteins in 384 species: Archae - 10; Bacteria - 312; Metazoa - 2497; Fungi - 280; Plants - 489; Viruses - 8; Other Eukaryotes - 1803 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:17491352..17493502 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 77996.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 716 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MCCGSDRLNQ IVSSRSSLPI SFEEDNNLVT NTDMNHLTVE TEDTFASLLE LAANNDVEGV RLSIERDPSC VDEAGLWYGR QKGSKAMVND YRTPLMVAAT 101: YGSIDVIKLI VSLTDADVNR ACGNDQTTAL HCAASGGAVN AIQVVKLLLA AGADLNLLDA EGQRAGDVIV VPPKLEGVKL MLQELLSADG SSTAERNLRV 201: VTNVPNRSSS PCHSPTGENG GSGSGSPLGS PFKLKSTEFK KEYPVDPSLP DIKNSIYATD EFRMYSFKVR PCSRAYSHDW TECPFVHPGE NARRRDPRKF 301: HYSCVPCPDF RKGACRRGDM CEYAHGVFEC WLHPAQYRTR LCKDGTGCAR RVCFFAHTPE ELRPLYASTG SAVPSPRSNA DYAAALSLLP GSPSGVSVMS 401: PLSPSAAGNG MSHSNMAWPQ PNVPALHLPG SNLQSSRLRS SLNARDIPTD EFNMLADYEQ QQLLNEYSNA LSRSGRMKSM PPSNLEDLFS AEGSSSPRFT 501: DSALASAVFS PTHKSAVFNQ FQQQQQQQQS MLSPINTSFS SPKSVDHSLF SGGGRMSPRN VVEPISPMSA RVSMLAQCVK QQQQQQQQQQ QQHQFRSLSS 601: RELRTNSSPI VGSPVNNNTW SSKWGSSNGQ PDWGMSSEAL GKLRSSSSFD GDEPDVSWVQ SLVKETPAEA KEKAATSSSG EHVMKQPNPV EPVMDHAGLE 701: AWIEQMQLDQ LVAQQN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)