AT5G52510.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SCARECROW-like 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SCARECROW-like 8 (SCL8); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcription factor GRAS (InterPro:IPR005202); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SCARECROW-like 1 (TAIR:AT1G21450.1); Has 2327 Blast hits to 2305 proteins in 315 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 13; Fungi - 36; Plants - 2242; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 32 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:21307196..21309118 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 69154.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 640 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESGFSGGGG GSDFYGGGGG RSIPGGPGTV INVGNNNPQT TYRNQIPGIF FDQIGNRVAG GNGFSGKRTL ADFQAAQQHQ QQQQQQPFYS QAALNAFLSR 101: SVKPRNYQNF QSPSPMIDLT SVNDMSLFGG SGSSQRYGLP VPRSQTQQQQ SDYGLFGGIR MGIGSGINNY PTLTGVPCIE PVQNRVHESE NMLNSLRELE 201: KQLLDDDDES GGDDDVSVIT NSNSDWIQNL VTPNPNPNPV LSFSPSSSSS SSSPSTASTT TSVCSRQTVM EIATAIAEGK TEIATEILAR VSQTPNLERN 301: SEEKLVDFMV AALRSRIASP VTELYGKEHL ISTQLLYELS PCFKLGFEAA NLAILDAADN NDGGMMIPHV IDFDIGEGGQ YVNLLRTLST RRNGKSQSQN 401: SPVVKITAVA NNVYGCLVDD GGEERLKAVG DLLSQLGDRL GISVSFNVVT SLRLGDLNRE SLGCDPDETL AVNLAFKLYR VPDESVCTEN PRDELLRRVK 501: GLKPRVVTLV EQEMNSNTAP FLGRVSESCA CYGALLESVE STVPSTNSDR AKVEEGIGRK LVNAVACEGI DRIERCEVFG KWRMRMSMAG FELMPLSEKI 601: AESMKSRGNR VHPGFTVKED NGGVCFGWMG RALTVASAWR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)