AT2G38050.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.709 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Similar to mammalian steroid-5-alpha-reductase. Involved in the brassinolide biosynthetic pathway. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DE-ETIOLATED 2 (DET2); FUNCTIONS IN: sterol 5-alpha reductase activity; INVOLVED IN: response to light stimulus, brassinosteroid homeostasis, brassinosteroid biosynthetic process; LOCATED IN: endomembrane system, integral to membrane, membrane, cytoplasm; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase, C-terminal (InterPro:IPR001104), 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase (InterPro:IPR016636); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 3-oxo-5-alpha-steroid 4-dehydrogenase family protein (TAIR:AT5G16010.1); Has 1601 Blast hits to 1599 proteins in 320 species: Archae - 0; Bacteria - 193; Metazoa - 442; Fungi - 195; Plants - 239; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 532 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:15921303..15922176 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30636.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 262 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEEIADKTFF RYCLLTLIFA GPPTAVLLKF LQAPYGKHNR TGWGPTVSPP IAWFVMESPT LWLTLLLFPF GRHALNPKSL LLFSPYLIHY FHRTIIYPLR 101: LFRSSFPAGK NGFPITIAAL AFTFNLLNGY IQARWVSHYK DDYEDGNWFW WRFVIGMVVF ITGMYINITS DRTLVRLKKE NRGGYVIPRG GWFELVSCPN 201: YFGEAIEWLG WAVMTWSWAG IGFFLYTCSN LFPRARASHK WYIAKFKEEY PKTRKAVIPF VY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)