AT3G55390.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Uncharacterised protein family (UPF0497) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Uncharacterised protein family (UPF0497); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Uncharacterised protein family UPF0497, trans-membrane plant (InterPro:IPR006702), Uncharacterised protein family UPF0497, trans-membrane plant subgroup (InterPro:IPR006459); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Uncharacterised protein family (UPF0497) (TAIR:AT2G38480.1); Has 361 Blast hits to 361 proteins in 18 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 361; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:20534785..20535620 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21687.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 194 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRSPHAFRNG ESPTLRDHTH FHSTVTAQKL RRFNSLILLL RLASFSFSLA SAVFMLTNSR GSASPHWYDF DAFRFVFVAN AIVALYSVFE MGTCVWEFSR 101: ETTLWPEAFQ VWFDFGHDQV FSYLLLSAGS AAAALARTMR GGDTCTANKA FCLQSDVAIG LGFAAFLFLA FSSCFSGFRV ACFLITGSRF HLYS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)