AT4G22770.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : AT hook motif DNA-binding family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
AT hook motif DNA-binding family protein; FUNCTIONS IN: DNA binding; EXPRESSED IN: 14 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, F mature embryo stage, petal differentiation and expansion stage, E expanded cotyledon stage, D bilateral stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF296 (InterPro:IPR005175), AT hook, DNA-binding motif (InterPro:IPR017956); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: AT-hook motif nuclear-localized protein 1 (TAIR:AT4G12080.1); Has 918 Blast hits to 910 proteins in 100 species: Archae - 0; Bacteria - 92; Metazoa - 24; Fungi - 29; Plants - 756; Viruses - 8; Other Eukaryotes - 9 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:11963879..11965439 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35096.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 334 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: METTGEVVKT TTGSDGGVTV VRSNAPSDFH MAPRSETSNT PPNSVAPPPP PPPQNSFTPS AAMDGFSSGP IKKRRGRPRK YGHDGAAVTL SPNPISSAAP 101: TTSHVIDFST TSEKRGKMKP ATPTPSSFIR PKYQVENLGE WSPSSAAANF TPHIITVNAG EDVTKRIISF SQQGSLAICV LCANGVVSSV TLRQPDSSGG 201: TLTYEGRFEI LSLSGTFMPS DSDGTRSRTG GMSVSLASPD GRVVGGGVAG LLVAATPIQV VVGTFLGGTN QQEQTPKPHN HNFMSSPLMP TSSNVADHRT 301: IRPMTSSLPI STWTPSFPSD SRHKHSHDFN ITLT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)