AT1G77410.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : beta-galactosidase 16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
beta-galactosidase 16 (BGAL16); FUNCTIONS IN: cation binding, sugar binding, beta-galactosidase activity, hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds, catalytic activity; INVOLVED IN: lactose catabolic process, using glucoside 3-dehydrogenase, carbohydrate metabolic process, lactose catabolic process via UDP-galactose, lactose catabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 27 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 35, conserved site (InterPro:IPR019801), Glycoside hydrolase, family 35 (InterPro:IPR001944), D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin (InterPro:IPR000922), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853), Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core (InterPro:IPR013781), Galactose-binding domain-like (InterPro:IPR008979); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Glycosyl hydrolase family 35 protein (TAIR:AT5G63800.1); Has 2516 Blast hits to 2225 proteins in 479 species: Archae - 17; Bacteria - 1086; Metazoa - 478; Fungi - 225; Plants - 619; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 91 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:29088771..29093148 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 91653.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 815 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTTFQYSLVF LVLMAVIVAG DVANVTYDGR SLIIDGEHKI LFSGSIHYTR STPQMWPSLI AKAKSGGIDV VDTYVFWNVH EPQQGQFDFS GSRDIVKFIK 101: EVKNHGLYVC LRIGPFIQGE WSYGGLPFWL HNVQGIVFRT DNEPFKYHMK RYAKMIVKLM KSENLYASQG GPIILSQIEN EYGMVGRAFR QEGKSYVKWT 201: AKLAVELDTG VPWVMCKQDD APDPLVNACN GRQCGETFKG PNSPNKPAIW TENWTSFYQT YGEEPLIRSA EDIAFHVALF IAKNGSFVNY YMYHGGTNFG 301: RNASQFVITS YYDQAPLDEY GLLRQPKWGH LKELHAAVKL CEEPLLSGLQ TTISLGKLQT AFVFGKKANL CAAILVNQDK CESTVQFRNS SYRLSPKSVS 401: VLPDCKNVAF NTAKVNAQYN TRTRKARQNL SSPQMWEEFT ETVPSFSETS IRSESLLEHM NTTQDTSDYL WQTTRFQQSE GAPSVLKVNH LGHALHAFVN 501: GRFIGSMHGT FKAHRFLLEK NMSLNNGTNN LALLSVMVGL PNSGAHLERR VVGSRSVKIW NGRYQLYFNN YSWGYQVGLK GEKFHVYTED GSAKVQWKQY 601: RDSKSQPLTW YKASFDTPEG EDPVALNLGS MGKGEAWVNG QSIGRYWVSF HTYKGNPSQI WYHIPRSFLK PNSNLLVILE EEREGNPLGI TIDTVSVTEV 701: CGHVSNTNPH PVISPRKKGL NRKNLTYRYD RKPKVQLQCP TGRKISKILF ASFGTPNGSC GSYSIGSCHS PNSLAVVQKA CLKKSRCSVP VWSKTFGGDS 801: CPHTVKSLLV RAQCS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)