AT1G73310.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.611 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : serine carboxypeptidase-like 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
serine carboxypeptidase-like 4 (scpl4); FUNCTIONS IN: serine-type carboxypeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 16 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S10, serine carboxypeptidase (InterPro:IPR001563); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: serine carboxypeptidase-like 3 (TAIR:AT1G73280.1); Has 3964 Blast hits to 3850 proteins in 442 species: Archae - 0; Bacteria - 468; Metazoa - 642; Fungi - 843; Plants - 1592; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 419 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:27562815..27565177 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50354.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 441 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANNNVYSVL KSLLLLLHLV FLSKQHVDSA SIVKFLPGFE GPLPFELETG YIGVGEEEEV QLFYYFIKSE RNPKEDPLLL WLTGGPGCSA ISGLLYQNGP 101: LAMKLDVYNG TLPSLVSTTY SWTKTSSMIF LDQPVGTGFS YSRTQLFNKP SDTGEAKRIH EFLQKWLGKH QEFSSNPFYV GGDSYSGLVV PATVQEISKG 201: NCQCCNRPIN LQGYVLGNPL TDCVYDCNYR VPFAHKMALI SDELYESLKR TCRGEYVNVH PHDTECLKFV EEFNKLTNRV CERHILHSCC ETETPSCYSY 301: RFMLTTYWAN DETVRKALQI NKESIGEWTR CYRGIPYNHD IKSSVPYHMN NSIDGYRSLI YSGDHDIQVP FLGTQAWIRS LNYSIIDDWR PWMIKDQIAG 401: YTTSYVNKMT FATVTGGGHT AEFTPKETFM MFQRWINGQP L |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)