AT1G72990.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 0.556 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : beta-galactosidase 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
beta-galactosidase 17 (BGAL17); FUNCTIONS IN: cation binding, beta-galactosidase activity, hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds, catalytic activity; INVOLVED IN: lactose catabolic process, using glucoside 3-dehydrogenase, carbohydrate metabolic process, lactose catabolic process via UDP-galactose, lactose catabolic process; LOCATED IN: mitochondrion; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 35, conserved site (InterPro:IPR019801), Glycoside hydrolase, family 35 (InterPro:IPR001944), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853), Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core (InterPro:IPR013781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: beta-galactosidase 3 (TAIR:AT4G36360.2); Has 2090 Blast hits to 2034 proteins in 466 species: Archae - 15; Bacteria - 876; Metazoa - 411; Fungi - 209; Plants - 521; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 58 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:27457480..27462168 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 78644.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 697 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAMTSWPSTG RQRRHQLASM LLLVLVVVGI YVPVFALLPS LSYTPQSLPS AIPQDEKMIS RKFYIKDDNF WKDGNRFQII GGDLHYFRVL PEYWEDRLLR 101: ANALGLNTIQ VYVPWNLHEP KPGKMVFEGI GDLVSFLKLC EKLDFLVMLR AGPYICGEWD LGGFPAWLLA VKPRLQLRTS DPVYLKLVER WWDVLLPKVF 201: PLLYSNGGPV IMVQIENEYG SYGNDKAYLR KLVSMARGHL GDDIIVYTTD GGTKETLDKG TVPVADVYSA VDFSTGDDPW PIFKLQKKFN APGRSPPLSS 301: EFYTGWLTHW GEKITKTDAE FTAASLEKIL SRNGSAVLYM VHGGTNFGFY NGANTGSEES DYKPDLTSYD YDAPIKESGD IDNPKFQALQ RVIKKYNASP 401: HPISPSNKQR KAYGSIKMQM TTSLFDLVRM TDPADVITSA NPISMESVGQ MFGFLLYESS YIAKKSGNTL RIPKVHDRAQ VFVSCLSQDV DVGVLRYIGT 501: TERWNNQPIS LPTIECTTNT SLFILVENMG RVNYGPYIFD DKGILSSVYL DGQILHGWKM IPIPFHNLNQ EPNLTFEMQH TKNRSKKFEL TNDVGRKEPA 601: LFAGEFSINS EEEIKDTYLS FNGWGKGVAF VNEFNIGRYW PSVGPQCNLY VPAPLLKRGK NTLVVFELES PHLELSLEAV DHQDFTCGSN VSKVNQL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)