AT1G67480.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.392 endoplasmic reticulum 0.334 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), Galactose oxidase/kelch, beta-propeller (InterPro:IPR011043), Kelch repeat type 1 (InterPro:IPR006652), Kelch related (InterPro:IPR013089), Kelch-type beta propeller (InterPro:IPR015915); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Galactose oxidase/kelch repeat superfamily protein (TAIR:AT1G27420.1); Has 11510 Blast hits to 6062 proteins in 581 species: Archae - 21; Bacteria - 896; Metazoa - 8265; Fungi - 112; Plants - 1475; Viruses - 165; Other Eukaryotes - 576 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:25277294..25278529 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41237.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 376 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQAFALSGKK RIVNHGMCFS KGNLDLGSRL SENFMDDPLI PGLPDDVAKQ CLALVPRARF PSMGSVCKKW RFVVQSKEFI TVRRLAGMLE EWLYVLTMNA 101: GGKDNRWEVM DCLGQKLSSL PPMPGPAKTG FKVVVVDGKL LVIAGCCMIN GSLVASADVY QYDTCLNSWS RLADLEVARY DFACAEVNGH VYVVGGHGVD 201: GESLSSAEVY DPETCTWTFI ESLRRPRWGC FASAFNGKLY VMGGRSNFTI GNSKLLDVYN TQCGSWHGSK NGLTMVTAHV EVGKKLFCID WKNHRKMSVF 301: NAEDETWEVV ALPLSGSSRA GFQFGKLSGK LLLFSSQEET GQCTLLYDPD ASPGTQWKTS EIKLSGSCVC SVTITA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)