AT1G64740.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : alpha-1 tubulin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
alpha-tubulin expressed primarily in stamens and mature pollen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
alpha-1 tubulin (TUA1); FUNCTIONS IN: structural constituent of cytoskeleton; INVOLVED IN: microtubule-based process; LOCATED IN: microtubule cytoskeleton, cytosol, plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Alpha tubulin (InterPro:IPR002452), Tubulin (InterPro:IPR000217), Tubulin/FtsZ, GTPase domain (InterPro:IPR003008), Tubulin/FtsZ, N-terminal (InterPro:IPR019746), Tubulin/FtsZ, C-terminal (InterPro:IPR008280), Beta tubulin, autoregulation binding site (InterPro:IPR013838), Tubulin, conserved site (InterPro:IPR017975), Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain (InterPro:IPR018316); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tubulin alpha-5 (TAIR:AT5G19780.1); Has 22728 Blast hits to 22623 proteins in 4697 species: Archae - 12; Bacteria - 27; Metazoa - 4402; Fungi - 13423; Plants - 1534; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3330 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:24050114..24052296 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49802.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 450 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MREIISIHIG QAGIQVGNSC WELYCLEHGI QPDGTMPSDS TVGACHDAFN TFFSETSSGQ HVPRAVFLDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHPE QLISGKEDAA 101: NNFARGHYTV GREIVDTCLE RLRKLADNCT GLQGFLVFNA VGGGTGSGLG SLLLERLSVD FGKKSKLGFT IYPSPQVSTA VVEPYNSVLS THSLLEHTDV 201: VVLLDNEAIY DICRRSLDIE RPTYSNLNRL ISQTISSLTT SLRFDGAINV DITEFQTNLV PYPRIHFMLS SYAPVISSAK AYHEQFSVPE ITTSVFEPSN 301: MMAKCDPRHG KYMACCLMYR GDVVPKDVNT AVAAIKAKRT IQFVDWCPTG FKCGINYQPP SVVPGGDLAK VQRAVCMISN NTAVAEVFSR IDHKFDLMYS 401: KRAFVHWYVG EGMEEGEFSE AREDLAALEK DYEEVGGEGA EDDDEEGDEY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)