AT3G52120.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SWAP (Suppressor-of-White-APricot)/surp domain-containing protein / D111/G-patch domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SWAP (Suppressor-of-White-APricot)/surp domain-containing protein / D111/G-patch domain-containing protein; FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: RNA processing; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SWAP/Surp (InterPro:IPR000061), D111/G-patch (InterPro:IPR000467); Has 1460 Blast hits to 1340 proteins in 171 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1005; Fungi - 124; Plants - 274; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 57 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:19329243..19331738 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48695.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 443 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDKGAPPSIF VNDGSFMERF RQLQQEKDKD KDKVVQVEDS KPVKIISNPK PAANKISIGL KPNDAQKKGG KLAFSLKQKS KLLAPPVKLG TEEDEDDEDV 101: KHEQGFGSVK RQKLEQRDTP VKSAKVSDVA PPPPSDPTVK KVADKLASFV AKHGRPFEHI TRQKNPGDTP FKFLFDENCA DYKYYVFRLA EEEKLISQTK 201: DSGVLHSGDA GSRTSTAAIP LQKPAYQQTG YQIPASALYD TPVEPGASSR SAQASITRPS DSDSFSGPRG ADPLSMMEFY MKKAAQEEKM RRPRQSKDEM 301: PPPASLQGPS ETSSTDPGKR GHHMGDYIPL EELDKFLSKC NDAAAQKATK EAAEKAKIQA DNVGHKLLSK MGWKEGEGIG SSRKGMADPI MAGDVKTNNL 401: GVGASAPGEV KPEDDIYEQY KKRMMLGYKH RPNPLGNPRK AYY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)