AT3G05210.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : nucleotide repair protein, putative | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
encodes a homolog of human ERCC1 protein (yeast RAD10), which is a DNA repair endonuclease. Mutants are sensitive to UV-B and gamma radiation (G2 cell cycle phase arrest) and are defective in dark-repair of pyrimidine pyrimidone dimers. This protein incises the 5' end of damaged DNA, similar to ERCC1/RAD10. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
ERCC1; FUNCTIONS IN: 5'-flap endonuclease activity; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 (InterPro:IPR003583), DNA repair protein rad10 (InterPro:IPR004579), RuvA domain 2-like (InterPro:IPR010994); Has 658 Blast hits to 452 proteins in 188 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 166; Fungi - 153; Plants - 44; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 291 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr3:+:1479591..1481823 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 45750.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 7.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 410 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANEDDDGEK SRSLHQQIAR KPKTQIVIGV PSYQEVLESS QTKSTPPSLF KPSQSFSQAF AFVKSSDVYS PPPPSSAAAS SSQPSGASQV PHSSSQTHQT 101: DGASSSSTPV ATGSVPSNTT QNRNAILVSH RQKGNPLLKH IRNVKWVFSD IIPDYVLGQN SCALYLSLRY HLLHPDYLYF RIRELQKNFK LSVVLCHVDV 201: EDTVKPLLEV TKTALLHDCT LLCAWSMTEC ARYLETIKVY ENKPADLIQG QMDTDYLSRL NHSLTSIRHV NKSDVVTLGS TFGSLAHIID ASMEDLARCP 301: GIGERKVKRL YDTFHEPFKR ATSSYPSVVE PPIPEAPVEK DVNSEEPVEE DEDFVEDSRK RKKKEPEPEK TVKTALSAVF ARYSDRLSKK KEKQKEKDTT 401: TASDAETHQN |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)