AT1G55590.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNI-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RNI-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: F-box/RNI-like superfamily protein (TAIR:AT2G17020.1); Has 6075 Blast hits to 3000 proteins in 237 species: Archae - 0; Bacteria - 329; Metazoa - 2581; Fungi - 596; Plants - 1820; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 746 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:20769476..20771756 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66263.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 607 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEEVTRSVLA EEILKRLDLE NLCSVACVST TLRSAVVSGV LPSLTSLDLS VFSPDDETLN HVLRGCIGLS SLTLNCLRLN AASVRGVLGP HLRELHLLRC 101: SLLSSTVLTY IGTLCPNLRV LTLEMADLDS PDVFQSNLTQ MLNGCPYLES LQLNIRGILV DATAFQSVRF SLPETLKALR LQPLLESEAI LLMNRFKVTG 201: TYLSQPDYNS ALLSPSPSFT LQSLSLVLDL ISDRLIIAIT GSLPQLVKLD LEDRPEKEPF PDNDLTYTGL QALGFCQQLT SLSLVRTCYN RKISFKRIND 301: MGIFLLSEAC KGLESVRLGG FPKVSDAGFA SLLHSCRNLK KFEVRGAFLL SDLAFHDVTG SSCSLQEVRL STCPLITSEA VKKLGLCGNL EVLDLGSCKS 401: ISDSCLNSVS ALRKLTSLNL AGADVTDSGM LALGKSDVPI TQLSLRGCRR VSDRGISYLL NNEGTISKTL STLDLGHMPG ISDRAIHTIT HCCKALTELS 501: IRSCFHVTDS SIESLATWER QAEGGSKQLR KLNVHNCVSL TTGALRWLSK PSFAGLHWLG MGQTRFAGRK ETVTAMICGQ RPWLTLCFDG CELGCSDGWE 601: FHTPQRH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)