AT1G61360.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : S-locus lectin protein kinase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
S-locus lectin protein kinase family protein; FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation, recognition of pollen; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Curculin-like (mannose-binding) lectin (InterPro:IPR001480), Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), PAN-2 domain (InterPro:IPR013227), Apple-like (InterPro:IPR003609), Serine-threonine/tyrosine-protein kinase (InterPro:IPR001245), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), S-locus glycoprotein (InterPro:IPR000858), EGF-like (InterPro:IPR006210); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: S-domain-1 29 (TAIR:AT1G61380.1); Has 125873 Blast hits to 123905 proteins in 4616 species: Archae - 126; Bacteria - 14038; Metazoa - 46183; Fungi - 10884; Plants - 35675; Viruses - 485; Other Eukaryotes - 18482 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:22637867..22640974 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 90939.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 821 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRIVACLLLI TALFSSYGYA AITTSSPLSI GVTLSSPGGS YELGFFSSNN SGNQYVGIWF KKVTPRVIVW VANREKPVSS TMANLTISSN GSLILLDSKK 101: DLVWSSGGDP TSNKCRAELL DTGNLVVVDN VTGNYLWQSF EHLGDTMLPL TSLMYDIPNN KKRVLTSWKS ETDPSPGEFV AEITPQVPSQ GLIRKGSSPY 201: WRSGPWAGTR FTGIPEMDAS YVNPLGMVQD EVNGTGVFAF CVLRNFNLSY IKLTPEGSLR ITRNNGTDWI KHFEGPLTSC DLYGRCGPFG LCVRSGTPMC 301: QCLKGFEPKS DEEWRSGNWS RGCVRRTNLS CQGNSSVETQ GKDRDVFYHV SNIKPPDSYE LASFSNEEQC HQGCLRNCSC TAFSYVSGIG CLVWNQELLD 401: TVKFIGGGET LSLRLAHSEL TGRKRIKIIT VATLSLSVCL ILVLVACGCW RYRVKQNGSS LVSKDNVEGA WKSDLQSQDV SGLNFFEIHD LQTATNNFSV 501: LNKLGQGGFG TVYKGKLQDG KEIAVKRLTS SSVQGTEEFM NEIKLISKLQ HRNLLRLLGC CIDGEEKLLV YEYMVNKSLD IFIFDLKKKL EIDWATRFNI 601: IQGIARGLLY LHRDSFLRVV HRDLKVSNIL LDEKMNPKIS DFGLARLFHG NQHQDSTGSV VGTLGYMSPE YAWTGTFSEK SDIYSFGVLM LEIITGKEIS 701: SFSYGKDNKN LLSYAWDSWS ENGGVNLLDQ DLDDSDSVNS VEAGRCVHIG LLCVQHQAID RPNIKQVMSM LTSTTDLPKP TQPMFVLETS DEDSSLSHSQ 801: RSNDLSSVDE NKSSEELNAS S |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)