AT1G56590.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:golgi 1.000 ASURE: golgi What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Clathrin adaptor complexes medium subunit family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Involved in vesicle trafficking between the trans -Golgi network and vacuoles. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ZIG SUPPRESSOR 4 (ZIP4); INVOLVED IN: intracellular protein transport, gravitropism, protein targeting to vacuole; LOCATED IN: clathrin vesicle coat, clathrin adaptor complex; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site (InterPro:IPR018240), Clathrin adaptor, mu subunit (InterPro:IPR001392), Clathrin adaptor, mu subunit, C-terminal (InterPro:IPR008968), Longin-like (InterPro:IPR011012); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Clathrin adaptor complexes medium subunit family protein (TAIR:AT1G60780.1); Has 1984 Blast hits to 1954 proteins in 323 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 926; Fungi - 482; Plants - 226; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 350 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:21202250..21204697 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46315.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 415 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLQCIFLISD SGEVMLEKQL TGHRVDRSIC AWFWDQYISQ GDSFKALPVI ASPTHYLFQI VRDGITFLAC SQVEMPPLMA IEFLCRVADV LSEYLGGLNE 101: DLIKDNFIIV YELLDEMIDN GFPLTTEPSI LKEMIAPPNL VSKMLSVVTG NASNVSDTLP SGAGSCVPWR PTDPKYSSNE VYVDLVEEMD AIVNRDGELV 201: KCEIYGEVQM NSQLTGFPDL TLSFANPSIL EDMRFHPCVR YRPWESHQVL SFVPPDGEFK LMSYRVKKLK NTPVYVKPQI TSDSGTCRIS VLVGIRSDPG 301: KTIESITLSF QLPHCVSSAD LSSNHGTVTI LSNKTCTWTI GRIPKDKTPC LSGTLALEPG LERLHVFPTF KLGFKIMGIA LSGLRIEKLD LQTIPPRLYK 401: GFRAQTRAGE FDVRL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)