AT1G55350.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : calpain-type cysteine protease family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Similar to maize DEK1, a gene encoding a membrane protein of the calpain gene superfamily required for aleurone cell development in the endosperm of maize grains. A key component of the embryonic L1 cell-layer specification pathway. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DEFECTIVE KERNEL 1 (DEK1); FUNCTIONS IN: cysteine-type endopeptidase activity, calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: cell fate specification, embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 27 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C2, calpain, domain III (InterPro:IPR022683), Peptidase C2, calpain, large subunit, domain III (InterPro:IPR022682), Peptidase, cysteine peptidase active site (InterPro:IPR000169), Concanavalin A-like lectin/glucanase (InterPro:IPR008985), Peptidase C2, calpain, catalytic domain (InterPro:IPR001300), Peptidase C2, calpain family (InterPro:IPR022684); Has 3377 Blast hits to 2425 proteins in 256 species: Archae - 0; Bacteria - 87; Metazoa - 1580; Fungi - 264; Plants - 115; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1331 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:20654463..20664501 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 238277.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 2151 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MEGDERGVLL ACVISGTLFT VFGSGSFWIL WAVNWRPWRL YSWIFARKWP KVLQGPQLDI LCGVLSLFAW IVVVSPIAIL IGWGSWLIVI LDRHIIGLAI 0101: IMAGTALLLA FYSIMLWWRT QWQSSRAVAL LLLLGVALLC AYELCAVYVT AGAHASQQYS PSGFFFGVSA IALAINMLFI CRMVFNGNGL DVDEYVRRAY 0201: KFAYSDCIEV GPVACLPEPP DPNELYPRQT SRASHLGLLY LGSLVVLLAY SVLYGLTARE SRWLGGITSA AVIVLDWNIG ACLYGFKLLQ NRVLALFVAG 0301: ISRLFLICFG IHYWYLGHCI SYIFVASVLS GAAVSRHLSI TDPSAARRDA LQSTVIRLRE GFRRKEQNSS SSSSDGCGSS IKRSSSIDAG HTGCTNEANR 0401: TAESCTADNL TRTGSSQEGI NSDKSEESGR PSLGLRSSSC RSVVQEPEAG TSYFMDKVSD QNNTLVVCSS SGLDSQGYES STSNSANQQL LDMNLALAFQ 0501: DQLNNPRIAS ILKKKAKEGD LELTNLLQDK GLDPNFAVML KEKNLDPTIL ALLQRSSLDA DRDHRDNTDI TIIDSNSVDN TLPNQISLSE ELRLRGLEKW 0601: LKLSRLLLHH VAGTPERAWG LFSLVFILET IIVAIFRPKT ITIINSSHQQ FEFGFSVLLL SPVVCSIMAF LRSLQVEEMA LTSKSRKYGF VAWLLSTSVG 0701: LSLSFLSKSS VLLGISLTVP LMAACLSIAV PIWMHNGYQF WVPQLSCGDQ ARDLRSPRIK GFILWICVVL FAGSVISLGA IISAKPLDDL KYKLFSAREN 0801: NVTSPYTSSV YLGWAMSSGI ALVVTAILPI VSWFATYRFS HSSAVCLMIF SVVLVAFCGT SYLEVVKSRD DQLPTKGDFL AALLPLACIP ALLSLCCGMV 0901: KWKDDCWILS RGVYVFFSIG LLLLFGAIAA VIAVKPWTIG VSFLLVLFLM VVTIGVIHLW ASNNFYLTRK QTSFVCFLAL LLGLAAFLLG WHQDKAFAGA 1001: SVGYFTFLSL LAGRALAVLL SPPIVVYSPR VLPVYVYDAH ADCGKNVSAA FLVLYGIALA TEGWGVVASL IIYPPFAGAA VSAITLVVAF GFAVSRPCLT 1101: LEMMEVAVRF LSKDTIVQAI SRSATKTRNA LSGTYSAPQR SASSAALLVG DPSAMRDKAG NFVLPRDDVM KLRDRLRNEE RVAGSIFYKM QCRKGFRHEP 1201: PTNVDYRRDM CAHARVLALE EAIDTEWVYM WDKFGGYLLL LLGLTAKAER VQDEVRLRLF LDSIGFSDLS ARKISKWKPE DRRQFEIIQE SYLREKEMEE 1301: ESLMQRREEE GRGKERRKAL LEKEERKWKE IEASLIPSIP NAGSREAAAM AAAIRAVGGD SVLEDSFARE RVSGIARRIR TAQLERRAQQ TGISGAVCVL 1401: DDEPMISGKH CGQMDSSVCQ SQKISFSVTA MIQSDSGPVC LFGTEFQKKV CWEILVAGSE QGIEAGQVGL RLITKGERQT TVAREWYIGA TSITDGRWHT 1501: VTITIDADAG EATCYIDGGF DGYQNGLPLS IGSAIWEQGA EVWLGVRPPI DVDAFGRSDS DGVESKMHIM DVFLWGKCLS EEEAASLHAA IGMADLDMID 1601: LSDDNWQWTD SPPRVDGWDS DPADVDLYDR DDVDWDGQYS SGRKRRSGRD FVMSVDSFAR RHRKPRMETQ EDINQRMRSV ELAVKEALSA RGDKQFTDQE 1701: FPPNDRSLFV DTQNPPSKLQ VVSEWMRPDS IVKENGSDSR PCLFSGDANP SDVCQGRLGD CWFLSAVAVL TEVSRISEVI ITPEYNEEGI YTVRFCIQGE 1801: WVPVVIDDWI PCESPGKPAF ATSRKLNELW VSMVEKAYAK LHGSYEALEG GLVQDALVDL TGGAGEEIDL RSAQAQIDLA SGRLWSQLLR FKQEGFLLGA 1901: GSPSGSDVHV SSSGIVQGHA YSVLQVREVD GHRLVQIRNP WANEVEWNGP WSDSSPEWTD RMKHKLKHVP QSKEGIFWMS WQDFQIHFRS IYVCRVYPRE 2001: MRYSVNGQWR GYSAGGCQDY SSWHQNPQFR LRATGSDASL PIHVFITLTQ GVGFSRTTPG FRNYQSSHDS QLFYIGLRIL KTRGRRAAYN IFLHESVGGT 2101: DYVNSREISC EMVLDPDPKG YTIVPTTIHP GEEAPFVLSV FTKASIVLEA L |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)