AT1G53320.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.998 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : tubby like protein 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Member of TLP family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
tubby like protein 7 (TLP7); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tubby, C-terminal, conserved site (InterPro:IPR018066), Tubby, C-terminal (InterPro:IPR000007); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: tubby like protein 3 (TAIR:AT2G47900.2); Has 954 Blast hits to 946 proteins in 118 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 352; Fungi - 19; Plants - 468; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 115 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:19891237..19893429 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42180.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 379 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPLSRSLLSR RISNSFRFHQ GETTTAPESE SIPPPSNMAG SSSWSAMLPE LLGEIIRRVE ETEDRWPQRR DVVTCACVSK KWREITHDFA RSSLNSGKIT 101: FPSCLKLPGP RDFSNQCLIK RNKKTSTFYL YLALTPSFTD KGKFLLAARR FRTGAYTEYI ISLDADDFSQ GSNAYVGKLR SDFLGTNFTV YDSQPPHNGA 201: KPSNGKASRR FASKQISPQV PAGNFEVGHV SYKFNLLKSR GPRRMVSTLR CPSPSPSSSS AGLSSDQKPC DVTKIMKKPN KDGSSLTILK NKAPRWHEHL 301: QCWCLNFHGR VTVASVKNFQ LVATVDQSQP SGKGDEETVL LQFGKVGDDT FTMDYRQPLS AFQAFAICLT SFGTKLACE |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)