AT1G53025.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:nucleus 0.990 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : Ubiquitin-conjugating enzyme family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
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Computational Description (TAIR10) |
Ubiquitin-conjugating enzyme family protein; FUNCTIONS IN: small conjugating protein ligase activity; INVOLVED IN: regulation of protein metabolic process, post-translational protein modification; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like (InterPro:IPR016135), Ubiquitin-conjugating enzyme, E2 (InterPro:IPR000608); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin-conjugating enzyme 25 (TAIR:AT3G15355.1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr1:-:19757072..19759474 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 60555.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 8.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 543 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEPDVVEIPP PPLIASGSRT RKPRKAVPEV IDVESYEFRN VGVVKDNNVV DKKNKGKAIQ VDSFSFNNVQ SHHHGSSLLN LETFQDYYGH KNIPFSEFAN 101: QPIDVDDYSM YQDVLDPKDV PAGAEVTVPW GLNSSSKGTA KSSISIMRSQ SMKGYGTVSL ATTNVPQLWD YTLPQQNQAI YSSVSFSAVQ PQTPDVVMVT 201: NPTPNPFSYD ASASSSHPIA AEPISSVQDS SNARKLKEEF LRDFKRFDTV EDFSDHHYAS KGKSSKQHSK NWVKKVQADW KILENDLPEA ISVRACESRM 301: DLLRAVIIGA EGTPYHDGLF FFDIQFPDTY PSVPPNVHYH SGGLRINPNL YNCGKVCLSL LGTWAGSARE KWLPNESTML QLLVSIQALI LNEKPYFNEP 401: GYVQSAGTAS GESKSKVYSE NVFLLSLKTM VYSIRRPPQH FEEYVQNHYF VRSHDIVKAC NAYKAGAPLG SMVKGGVQDL EEARQSGSKK FKTDVASFMQ 501: TVVDEFVKLG VKELAEKPEP PMSNANTENQ SKKKTRKRSR SSR |
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See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)