AT1G49010.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Duplicated homeodomain-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Duplicated homeodomain-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Molecular chaperone, heat shock protein, Hsp40, DnaJ (InterPro:IPR015609), SANT, eukarya (InterPro:IPR017884), Myb-like DNA-binding domain, SHAQKYF class (InterPro:IPR006447), SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Myb, DNA-binding (InterPro:IPR014778), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Duplicated homeodomain-like superfamily protein (TAIR:AT5G08520.1); Has 2158 Blast hits to 2138 proteins in 225 species: Archae - 0; Bacteria - 22; Metazoa - 311; Fungi - 95; Plants - 1498; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 230 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:18132714..18133778 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34473.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 314 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESVVATWSR EEEKAFENAI ALHCVEEEIT EDQWNKMSSM VPSKALEEVK KHYQILLEDV KAIENGQVPL PRYHHRKGLI VDEAAAAATS PANRDSHSSG 101: SSEKKPNPGT SGISSSNGGR SGGSRAEQER RKGIPWTEEE HRLFLLGLDK FGKGDWRSIS RNFVISRTPT QVASHAQKYF IRLNSMNRDR RRSSIHDITT 201: VNNQAPAVTG GGQQPQVVKH RPAQPQPQPQ PQPQQHHPPT MAGLGMYGGA PVGQPIIAPP DHMGSAVGTP VMLPPPMGTH HHHHHHHLGV APYAVPAYPV 301: PPLPQQHPAP STMH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)