AT1G30120.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pyruvate dehydrogenase E1 beta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a putative plastid pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit that is distinct from the mitochondrial pyruvate dehydrogenase E1 beta subunit. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pyruvate dehydrogenase E1 beta (PDH-E1 BETA); FUNCTIONS IN: pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) activity; INVOLVED IN: fatty acid biosynthetic process; LOCATED IN: plastid pyruvate dehydrogenase complex, chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transketolase, C-terminal (InterPro:IPR005476), Transketolase-like, C-terminal (InterPro:IPR015941), Transketolase, C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase, domain II (InterPro:IPR009014), Transketolase-like, pyrimidine-binding domain (InterPro:IPR005475); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Transketolase family protein (TAIR:AT2G34590.1); Has 14229 Blast hits to 14219 proteins in 2378 species: Archae - 200; Bacteria - 8952; Metazoa - 481; Fungi - 222; Plants - 270; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4104 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:10584350..10586477 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44247.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 406 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSIIHGAGA ATTTLSTFNS VDSKKLFVAP SRTNLSVRSQ RYIVAGSDAS KKSFGSGLRV RHSQKLIPNA VATKEADTSA STGHELLLFE ALQEGLEEEM 101: DRDPHVCVMG EDVGHYGGSY KVTKGLADKF GDLRVLDTPI CENAFTGMGI GAAMTGLRPV IEGMNMGFLL LAFNQISNNC GMLHYTSGGQ FTIPVVIRGP 201: GGVGRQLGAE HSQRLESYFQ SIPGIQMVAC STPYNAKGLM KAAIRSENPV ILFEHVLLYN LKEKIPDEDY VCNLEEAEMV RPGEHITILT YSRMRYHVMQ 301: AAKTLVNKGY DPEVIDIRSL KPFDLHTIGN SVKKTHRVLI VEECMRTGGI GASLTAAINE NFHDYLDAPV MCLSSQDVPT PYAGTLEEWT VVQPAQIVTA 401: VEQLCQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)