AT1G26370.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA helicase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RNA helicase family protein; FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Helicase-associated domain (InterPro:IPR007502), ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), Domain of unknown function DUF1605 (InterPro:IPR011709), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ATP-dependent RNA helicase, putative (TAIR:AT3G26560.1); Has 9899 Blast hits to 9180 proteins in 1561 species: Archae - 2; Bacteria - 3369; Metazoa - 2309; Fungi - 1230; Plants - 848; Viruses - 465; Other Eukaryotes - 1676 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:9122030..9125368 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 80520.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 717 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPSMAQGELK SFVQNSRPNP KSPTVSPFSM RQKIAEHRRS LPIASVEKRL VEEVQKNDIL IIVGETGSGK TTQLPQFLYN AGFCREGKMI GITQPRRIAA 101: VTVAKRVAEE CEVQLGQKVG YSIRFDDTTS GSTRLKYMTD GLLLREALLD PHLSRYSVII VDEAHDRSVH TDVLLALLKK IQRTRSQPVS EKTEFGNVAS 201: QVQTTTRDAN GPQQNGVLKG YQGRKLSPLK LIIMSASLDA RVFSEYFGGA KAVHVQGRQF PVDILYTVHP ESDYVDATLV TIFQIHFEEK PGDILVFLTG 301: QDEIESVERL VQERLQNIPE DKRKLLPLAI FSALPSEQQM KVFAPAPTGF RKVILATNIA ETSITIPGIR YVIDPGFVKA RSYDPSKGME SLDVVPASKA 401: QTLQRSGRAG REGPGKSFRL YPEREFEKLE DSTKPEIKRC NLSNIILQLK ALGIDDIVGF DFIDKPSRGA IIKALAELHS LGALADDGKL ENPVGYQMSR 501: LPLEPVYSKA LILANQFNCL EEMLITVAVL SVESIFYDPR EKREEARTSK NHFASVEGDH LTYLSVYRES DEFLEKRKAA GSGNNIDKIM KKWCKENYVN 601: SRSLKHARDI YRQIREHVEQ IGFNVSSCGN DMLAFRRCLA ASFFLKAAQR QLDGTYRALE SGEVVHIHPT SVLFRAKPEC VIFNELMQTS KKYIKNLTII 701: DSLWLSELAP HHFQTAE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)