AT1G21780.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.523 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : BTB/POZ domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
BTB/POZ domain-containing protein. Contains similarity to gb:AJ000644 SPOP (speckle-type POZ protein) from Homo sapiens and contains a PF:00651 BTB/POZ domain. ESTs gb:T75841, gb:R89974, gb:R30221, gb:N96386, gb:T76457, gb:AI100013 and gb:T76456 come from this gene;supported by full-length. Interacts with CUL3A and CUL3B. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
BTB/POZ domain-containing protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: BTB/POZ (InterPro:IPR013069), BTB/POZ fold (InterPro:IPR011333), Kelch related (InterPro:IPR013089), BTB/POZ-like (InterPro:IPR000210); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: BTB/POZ domain-containing protein (TAIR:AT1G55760.1); Has 5195 Blast hits to 5164 proteins in 157 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 3886; Fungi - 25; Plants - 983; Viruses - 68; Other Eukaryotes - 233 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:7652476..7653866 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37680.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 326 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGDTKVETIS RLAQWRIENF GPCSFKKSDP FKVGIWNWHL SIERNRYLSV RLFPELSRVS KEQPPVAKFV LRVSNVGPNR RFYISPVYEK LLRTTDDCVW 101: HVDSSFHGRF TIDVEFLDLK ICPVNGGEAS PVWPTDATMQ SISTQTTLKC LSRMLEESIL TDVIIHTADG TLSAHKAILS ASSTVFKSMF HHDLMEKESS 201: TIHIDDMSRE SCMALLSYLY GNITQEEFWK HRLALLGAAN KYDITDLKAA CEESLMEDIN SSNVLERLQE AWLYQLEKLK KGCLMYLFDF GKIYDVREEI 301: SSFFRQADRE LMLEMFQEVL SVWKPV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)