AT1G20780.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : senescence-associated E3 ubiquitin ligase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein containing a U-box and an ARM domain. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
senescence-associated E3 ubiquitin ligase 1 (SAUL1); FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity; INVOLVED IN: regulation of chlorophyll catabolic process, regulation of chlorophyll biosynthetic process, leaf senescence, regulation of abscisic acid biosynthetic process; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: 7 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: U box domain (InterPro:IPR003613), Armadillo-like helical (InterPro:IPR011989), Armadillo (InterPro:IPR000225), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ARM repeat superfamily protein (TAIR:AT1G76390.2); Has 2790 Blast hits to 2660 proteins in 201 species: Archae - 0; Bacteria - 20; Metazoa - 434; Fungi - 161; Plants - 1969; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 203 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:7217812..7220609 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 88385.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 801 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVGSSDGDQS DDSSHFERGV DHIYEAFICP LTKEVMHDPV TLENGRTFER EAIEKWFKEC RDSGRPPSCP LTSQELTSTD VSASIALRNT IEEWRSRNDA 101: AKLDIARQSL FLGNAETDIL QALMHVRQIC RTIRSNRHGV RNSQLIHMII DMLKSTSHRV RYKALQTLQV VVEGDDESKA IVAEGDTVRT LVKFLSHEPS 201: KGREAAVSLL FELSKSEALC EKIGSIHGAL ILLVGLTSSN SENVSIVEKA DRTLENMERS EEIVRQMASY GRLQPLLGKL LEGSPETKLS MASFLGELPL 301: NNDVKVLVAQ TVGSSLVDLM RSGDMPQREA ALKALNKISS FEGSAKVLIS KGILPPLIKD LFYVGPNNLP IRLKEVSATI LANIVNIGYD FDKATLVSEN 401: RVENLLHLIS NTGPAIQCKL LEVLVGLTSC PKTVPKVVYA IKTSGAIISL VQFIEVREND DLRLASIKLL HNLSPFMSEE LAKALCGTAG QLGSLVAIIS 501: EKTPITEEQA AAAGLLAELP DRDLGLTQEM LEVGAFEKII SKVFGIRQGD IKGMRFVNPF LEGLVRILAR ITFVFNKEAR AINFCREHDV ASLFLHLLQS 601: NGQDNIQMVS AMALENLSLE SIKLTRMPDP PPVNYCGSIF SCVRKPHVVN GLCKIHQGIC SLRETFCLVE GGAVEKLVAL LDHENVKVVE AALAALSSLL 701: EDGLDVEKGV KILDEADGIR HILNVLRENR TERLTRRAVW MVERILRIED IAREVAEEQS LSAALVDAFQ NADFRTRQIA ENALKHIDKI PNFSSIFPNI 801: A |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)