AT1G15910.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : XH/XS domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
XH/XS domain-containing protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Domain of unknown function XS (InterPro:IPR005380), Domain of unknown function XH (InterPro:IPR005379), Domain of unknown function, putative Zinc finger, XS/XH (InterPro:IPR005381); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: XH/XS domain-containing protein (TAIR:AT4G00380.1); Has 48628 Blast hits to 29972 proteins in 1836 species: Archae - 567; Bacteria - 5701; Metazoa - 24120; Fungi - 3416; Plants - 1878; Viruses - 163; Other Eukaryotes - 12783 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:5465951..5468723 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 72638.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.84 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 634 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSISDEEAEI SESEIEDYSE TPYRLLRDGT YKVKVNGQLR CPFCAGKKKQ DYKYKELYAH ATGVSKGSAT RSALQKANHL ALAMFLENEL AGYAEPVPRP 101: PVVPPQLDET EPNPHNVYVW PWMGIVVNPL KEADDKELLL DSAYWLQTLS KFKPIEVNAF WVEQDSIVGV IAKFNGDWSG FAGATELEKE FETQGSSKKE 201: WTERSGDSES KAYGWCARAD DFESQGPIGE YLSKEGQLRT VSDISQKNVQ DRNTVLEELS DMIAMTNEDL NKVQYSYNRT AMSLQRVLDE KKNLHQAFAD 301: ETKKMQQMSL RHIQKILYDK EKLSNELDRK MRDLESRAKQ LEKHEALTEL DRQKLDEDKR KSDAMNKSLQ LASREQKKAD ESVLRLVEEH QRQKEDALNK 401: ILLLEKQLDT KQTLEMEIQE LKGKLQVMKH LGDDDDEAVQ KKMKEMNDEL DDKKAELEGL ESMNSVLMTK ERQSNDEIQA ARKKLIAGLT GLLGAETDIG 501: VKRMGELDEK PFLDVCKLRY SANEAAVEAA TLCSTWQENL KNPSWQPFKH EGTGDGAEEV VDEDDEQLKK LKREWGKEVH NAVKTALVEM NEYNASGRYT 601: TPELWNFKEG RKATLKEVIT FISNDIKILK RKRT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)