AT3G23780.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : nuclear RNA polymerase D2A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
This gene encodes the second largest, catalytic subunit of the nuclear DNA-dependent RNA polymerase IV (aka RNA polymerase D). The NRPD2 protein is found at nuclear foci that overlap or are adjacent to chromocentromeres but are not fully coincident with chromocentromeres. The loss of NRPD2 leads to the loss of cytosine methylation at pericentromeric 5S genes and AtSN1 retroelements but has no discernible effect on centromere repeat methylation. This suggests that Pol IV primarily affects facultative heterochromatin rather than constitutive heterochromatin. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
nuclear RNA polymerase D2A (NRPD2A); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 (InterPro:IPR007120), RNA polymerase Rpb2, domain 7 (InterPro:IPR007641), RNA polymerase, beta subunit, protrusion (InterPro:IPR007644), RNA polymerase Rpb2, domain 3 (InterPro:IPR007645), DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 (InterPro:IPR015712), RNA polymerase Rpb2, domain 2 (InterPro:IPR007642), RNA polymerase Rpb2, domain 4 (InterPro:IPR007646), RNA polymerase, beta subunit, conserved site (InterPro:IPR007121), RNA polymerase Rpb2, domain 5 (InterPro:IPR007647); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nuclear RNA polymerase D2B (TAIR:AT3G18090.1); Has 34269 Blast hits to 26505 proteins in 8656 species: Archae - 497; Bacteria - 15697; Metazoa - 591; Fungi - 7176; Plants - 2585; Viruses - 232; Other Eukaryotes - 7491 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:8567971..8573819 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 132661.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1172 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MPDMDIDVKD LEEFEATTGE INLSELGEGF LQSFCKKAAT SFFDKYGLIS HQLNSYNYFI EHGLQNVFQS FGEMLVEPSF DVVKKKDNDW RYATVKFGEV 0101: TVEKPTFFSD DKELEFLPWH ARLQNMTYSA RIKVNVQVEV FKNTVVKSDK FKTGQDNYVE KKILDVKKQD ILIGSIPVMV KSILCKTSEK GKENCKKGDC 0201: AFDQGGYFVI KGAEKVFIAQ EQMCTKRLWI SNSPWTVSFR SENKRNRFIV RLSENEKAED YKRREKVLTV YFLSTEIPVW LLFFALGVSS DKEAMDLIAF 0301: DGDDASITNS LIASIHVADA VCEAFRCGNN ALTYVEQQIK STKFPPAESV DECLHLYLFP GLQSLKKKAR FLGYMVKCLL NSYAGKRKCE NRDSFRNKRI 0401: ELAGELLERE IRVHLAHARR KMTRAMQKHL SGDGDLKPIE HYLDASVITN GLSRAFSTGA WSHPFRKMER VSGVVANLGR ANPLQTLIDL RRTRQQVLYT 0501: GKVGDARYPH PSHWGRVCFL STPDGENCGL VKNMSLLGLV STQSLESVVE KLFACGMEEL MDDTCTPLFG KHKVLLNGDW VGLCADSESF VAELKSRRRQ 0601: SELPREMEIK RDKDDNEVRI FTDAGRLLRP LLVVENLQKL KQEKPSQYPF DHLLDHGILE LIGIEEEEDC NTAWGIKQLL KEPKIYTHCE LDLSFLLGVS 0701: CAVVPFANHD HGRRVLYQSQ KHCQQAIGFS STNPNIRCDT LSQQLFYPQK PLFKTLASEC LKKEVLFNGQ NAIVAVNVHL GYNQEDSIVM NKASLERGMF 0801: RSEQIRSYKA EVDAKDSEKR KKMDELVQFG KTHSKIGKVD SLEDDGFPFI GANMSTGDIV IGRCTESGAD HSIKLKHTER GIVQKVVLSS NDEGKNFAAV 0901: SLRQVRSPCL GDKFSSMHGQ KGVLGYLEEQ QNFPFTIQGI VPDIVINPHA FPSRQTPGQL LEAALSKGIA CPIQKEGSSA AYTKLTRHAT PFSTPGVTEI 1001: TEQLHRAGFS RWGNERVYNG RSGEMMRSMI FMGPTFYQRL VHMSEDKVKF RNTGPVHPLT RQPVADRKRF GGIKFGEMER DCLIAHGASA NLHERLFTLS 1101: DSSQMHICRK CKTYANVIER TPSSGRKIRG PYCRVCVSSD HVVRVYVPYG AKLLCQELFS MGITLNFDTK LC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)