AT1G12750.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.780 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RHOMBOID-like protein 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RHOMBOID-like protein 6 (RBL6); FUNCTIONS IN: serine-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: integral to membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase S54, rhomboid (InterPro:IPR002610); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RHOMBOID-like 2 (TAIR:AT1G63120.1); Has 6272 Blast hits to 6271 proteins in 1782 species: Archae - 138; Bacteria - 3818; Metazoa - 537; Fungi - 159; Plants - 344; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1276 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:4345100..4346688 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34291.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 307 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRSRDMERGR KHRGDTQWTA WLTPTIVVAN VSIFIVVMYT NDCPKTTTGA NGDCVAKLLR RFSFQPLREN PFLGPSSSTL EKLGALDWKK VVQGNEKWRL 101: ITAMWLHAGI IHLVMNMFDV IIFGIRLEQQ FGFIRIGLIY LISGFGGSIL SALFLQKSIS VGASGALLGL MGAMLSELLT NWTIYKSKLC ALLSFLFIIA 201: INLAIGLLPW VDNFAHIGGL LTGFCLGFIL LMQPQSGWEE FRNSSQYGAR ARSKYNPCQY VLFFVAAVLV VAGLTVGLVM LFDGENGNKH CKWCHRLDCY 301: PTSKWSC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)