AT5G53980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : homeobox protein 52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a homeodomain leucine zipper class I (HD-Zip I) protein. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
homeobox protein 52 (HB52); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: response to blue light, regulation of transcription, DNA-dependent, response to absence of light; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: root, flower; EXPRESSED DURING: seedling growth; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Homeobox (InterPro:IPR001356), Homeobox, conserved site (InterPro:IPR017970), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: homeobox 3 (TAIR:AT5G15150.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:21914087..21914557 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17935.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 156 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MENSQSQGKN KKKRLTQDQV RQLEKCFTMN KKLEPDLKLQ LSNQLGLPQR QVAVWFQNKR ARFKTQSLEV QHCTLQSKHE AALSDKAKLE HQVQFLQDEL 101: KRARNQLALF TNQDSPVDNS NLGSCDEDHD DQVVVFDELY ACFVSNGHGS SSTSWV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)