AT5G20650.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : copper transporter 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a member of copper transporter family and functionally complements a high affinity copper transporter mutant in yeast | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
copper transporter 5 (COPT5); FUNCTIONS IN: copper ion transmembrane transporter activity, high affinity copper ion transmembrane transporter activity; INVOLVED IN: copper ion transport; LOCATED IN: plasma membrane, vacuole; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ctr copper transporter (InterPro:IPR007274); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ctr copper transporter family (TAIR:AT2G26975.1); Has 497 Blast hits to 497 proteins in 140 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 217; Fungi - 69; Plants - 156; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 55 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:6985481..6985921 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 15785.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 146 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMHMTFYWGI KATILFDFWK TDSWLSYILT LIACFVFSAF YQYLENRRIQ FKSLSSSRRA PPPPRSSSGV SAPLIPKSGT RSAAKAASVL LFGVNAAIGY 101: LLMLAAMSFN GGVFIAIVVG LTAGYAVFRS DDGGADTATD DPCPCA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)