AT3G07100.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 ASURE: endoplasmic reticulum What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Sec23/Sec24 protein transport family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes SEC24a/ERMO2. Required for endoplasmic reticulum (ER) morphology. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ENDOPLASMIC RETICULUM MORPHOLOGY 2 (ERMO2); FUNCTIONS IN: transporter activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: transport, ER body organization; LOCATED IN: COPII vesicle coat; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sec23/Sec24, helical domain (InterPro:IPR006900), Sec23/Sec24 beta-sandwich (InterPro:IPR012990), Sec23/Sec24, trunk domain (InterPro:IPR006896), Zinc finger, Sec23/Sec24-type (InterPro:IPR006895), Gelsolin domain (InterPro:IPR007123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: clone eighty-four (TAIR:AT3G44340.1); Has 86818 Blast hits to 46504 proteins in 1607 species: Archae - 60; Bacteria - 12149; Metazoa - 40940; Fungi - 13838; Plants - 8598; Viruses - 2013; Other Eukaryotes - 9220 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:2245689..2250077 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 113967.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1038 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MGTENQGYPN FPARPASSPF ASAPPPGIPP QSGGPPTGSE AVGFRPFTPS ASQPTRPFTA SGPPPAPPVG TMRPGQPSPF VSQIPGSRPP PPSSNSFPSP 0101: AYGPPGGAPF QRFPSPPFPT TQNPPQGPPP PQTLAGHLSP PMSLRPQQPM APVAMGPPPQ STTSGLPGAN AYPPATDYHM PARPGFQQSM PPVTPSYPGV 0201: GGSQPSFPGY PSKQVLQAPT PFQTSQGPPG PPPVSSYPPH TGGFAQRPNM AAQQNLHPNY APPPSNVQGL TEDFNSLSLS SIPGSLEPGL DHKSFPRPLD 0301: GDVEPNSFAE MYPMNCHSRY LRLTTSAIPN SQSLASRWHL PLGAVVCPLA ETPEGEEVPL IDFGSTGIIR CRRCRTYVNP FVTFTDSGRK WRCNICSMLN 0401: DVPGEYFSHL DATGRRMDMD QRPELTKGSV EIIAPTEYMV RPPMPPIYFF LIDVSISATK SGMLEVVAQT IKSCLDNLPG YPRTQIGFIT YDSTLHFYNM 0501: KSSLSQPQMM VVSDLDDIFV PLPDDLLVNL SESRTVVDAF LDSLPLMFQD NFNVESAFGP ALRAAFMVMN QLGGKLLIFQ NSLPSLGAGR LKLRGDDPRV 0601: YGTDKEYALR VAEDPFYKQM AADCTKFQIG INVYAFSDKY TDIASLGTLA KYTGGQVYYY PGFQSSVHGD KLRHELARDL TRETAWEAVM RIRCGKGIRF 0701: SSYHGNFMLR STDLLALPAV DCDKAYAMQL SLEETLLTSQ TVYFQVALLY TASCGERRIR VHTSVAPVVT DLGEMYRQAD TGSIVSLYAR LAIEKSLSAK 0801: LDDARNAIQQ KIVKALKEYR NLHAVQHRLG SRLVYPESLK FLPLYGLAIT KSTPLLGGPA DTSLDERCAA GFTMMALPVK KLLKLLYPNL FRVDEWLLKP 0901: SAAHDDFKDV LRRLPLAAES LDSRGLYIYD DGFRLVLWFG RMLSPDIAKN LLGVDFAADL SRVTFQEQEN GMSKKLMRLV KKLRESDPSY HPMCFLVRQG 1001: EQPREGFLLL RNLIEDQMGG SSGYVDWILQ LHRQVQQN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)