AT1G14290.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : sphingoid base hydroxylase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes one of the two redundant sphingoid base hydroxylases (SBH). Involved in sphingolipid trihydroxy long-chain base (4-hydroxysphinganine) biosynthesis. Double mutants of SBHs were dwarfed and not able to progress from vegetative to reproductive growth. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
sphingoid base hydroxylase 2 (SBH2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Fatty acid hydroxylase (InterPro:IPR006694); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: sphingoid base hydroxylase 1 (TAIR:AT1G69640.1); Has 2314 Blast hits to 2272 proteins in 379 species: Archae - 0; Bacteria - 367; Metazoa - 413; Fungi - 680; Plants - 393; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 458 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:4880307..4881784 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29832.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 259 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMSFVISDEF LGTFVPILVY WVYSGMYICL GSLDKYRLHS KIDEDEKNLV SKSAVVKGVL LQQTLQAIIS VILFKITGSD ADAATTQQFS ILLLARQFII 101: AMLVIDTWQY FIHRYMHLNK FLYKHIHSQH HRLIVPYSYG ALYNHPLEGL LLDTIGGALS FLFSGMSPRT AIFFFSFATI KTVDDHCGLW LPGNPFHIFF 201: SNNSAYHDVH HQLYGTKYNF SQPFFVMWDR ILGTYLPYSL EKRANGGFET RPIKVSKDE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)