AT3G61580.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.869 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Fatty acid/sphingolipid desaturase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Fatty acid/sphingolipid desaturase; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Fatty acid desaturase, type 1 (InterPro:IPR005804), Fatty acid/sphingolipid desaturase (InterPro:IPR012171), Cytochrome b5 (InterPro:IPR001199); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Fatty acid/sphingolipid desaturase (TAIR:AT2G46210.1); Has 5416 Blast hits to 5306 proteins in 857 species: Archae - 2; Bacteria - 1062; Metazoa - 955; Fungi - 1609; Plants - 915; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 871 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:22786253..22787602 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51678.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 449 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAEETEKKYI TNEDLKKHNK SGDLWIAIQG KVYNVSDWIK THPGGDTVIL NLVGQDVTDA FIAFHPGTAW HHLDHLFTGY HIRDFQVSEV SRDYRRMAAE 101: FRKLGLFENK GHVTLYTLAF VAAMFLGVLY GVLACTSVFA HQIAAALLGL LWIQSAYIGH DSGHYVIMSN KSYNRFAQLL SGNCLTGISI AWWKWTHNAH 201: HLACNSLDYD PDLQHIPVFA VSTKFFSSLT SRFYDRKLTF DPVARFLVSY QHFTYYPVMC FGRINLFIQT FLLLFSKREV PDRALNFAGI LVFWTWFPLL 301: VSCLPNWPER FFFVFTSFTV TALQHIQFTL NHFAADVYVG PPTGSDWFEK QAAGTIDISC RSYMDWFFGG LQFQLEHHLF PRLPRCHLRK VSPVVQELCK 401: KHNLPYRSMS WFEANVLTIN TLKTAAYQAR DVANPVVKNL VWEALNTHG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)