AT4G20870.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.712 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : fatty acid hydroxylase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a fatty acid hydroxylase, required for the AtBI-1-mediated suppression of programmed cell death. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
fatty acid hydroxylase 2 (FAH2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Fatty acid hydroxylase (InterPro:IPR006694); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: fatty acid hydroxylase 1 (TAIR:AT2G34770.1); Has 806 Blast hits to 806 proteins in 373 species: Archae - 0; Bacteria - 413; Metazoa - 105; Fungi - 141; Plants - 78; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 69 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr4:-:11174620..11175878 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27312.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 237 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVAERYTVDL NKPLVFQVGH LGEEYQEWIH QPIVCVEGPR FFESDFWEFL TRTVWWAIPT IWLPVVCYVL SISASKGLTF PQIGLIVAFG VLTWTLLEYT 101: LHRFLFHIQT KSYWANTAHY LLHGCHHKHP QDGLRLVFPP TATAILLVPL WKLLHLLATP ATAPAILGGI LFGYVMYDIT HYYLHHGQPK EPTFKHLKKY 201: HLNHHFRIQD KGYGITSSLW DKVFGTLPGI KAAAKKS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)